分子蒸餾和短程蒸餾不是一回事，它們在工作原理、設備結構和應用場景等方面存在差異。

1. 工作原理

  - 分子蒸餾：是在高真空（通常壓力為0.1 - 100Pa）條件下，利用不同物質分子自由程的差異來實現分離。分子在不斷運動過程中，其在兩次連續碰撞之間所經過的直線距離稱為分子自由程。在高真空環境下，分子間碰撞幾率大大降低，輕分子的自由程比重分子長。當混合液受熱蒸發時，輕分子能夠到達冷凝器被冷凝收集，而重分子則留在蒸發器中或返回蒸發器液面。例如，在分離魚油中的多不飽和脂肪酸（輕分子）和甘油三酯（重分子）時，在合適的溫度和高真空下，多不飽和脂肪酸分子的自由程較長，優先到達冷凝器被收集，從而實現分離。

  - 短程蒸餾：基于分子的自由程差異和短距離蒸發 - 冷凝原理工作。在高真空環境下，液體混合物在蒸發器表面受熱蒸發，由于蒸發器和冷凝器之間的距離極短（通常只有幾厘米甚至更短），輕分子能夠迅速地從蒸發表面到達冷凝器表面并被冷凝，而重分子由于自由程較短，大部分會落回蒸發表面。這種短距離的設計使得分子在蒸發后能夠快速被收集，減少了分子在氣相中的停留時間，從而提高了分離效率。比如，在分離兩種沸點相近但分子大小不同的有機化合物時，短程蒸餾器利用其短距離的優勢，能夠有效地區分這兩種化合物。

2. 設備結構

  - 分子蒸餾設備：主要由蒸發器、冷凝器、真空系統、進料系統和餾分收集系統等組成。蒸發器用于使混合液中的分子蒸發，其形狀通常為圓筒形，內部設有加熱裝置，可通過多種方式使液體形成薄膜。冷凝器用于冷卻并凝結蒸發出來的輕分子，一般位于蒸發器的上方或側面，通過冷卻水或其他低溫介質進行冷卻。真空系統包括真空泵、真空管道和真空閥門等，用于抽出設備內的氣體，降低系統壓力。進料系統用于將待分離的混合液輸送到蒸發器中，餾分收集系統用于收集分離后的輕、重餾分。

  - 短程蒸餾設備：通常有一個垂直放置的蒸發器和冷凝器組合。蒸發器是一個圓筒形的加熱壁，內部設有使液體分布均勻的裝置，液體在蒸發器壁上形成薄膜，在重力作用下向下流動。冷凝器緊貼在蒸發器的上部或側面，兩者之間的距離非常短，這是短程蒸餾設備的顯著特征。

3. 應用場景

  - 分子蒸餾：主要用于分離熱敏性、高沸點和相對分子質量差異較小的物質。在食品工業中用于油脂精煉、維生素和香料提取；在制藥工業中用于藥物提純和有效成分提取；在化工工業中用于高附加值化工產品的分離和精制。例如，從植物精油中提取高純度的香料成分，從藥物合成中間體中提取高純度的有效成分等。

  - 短程蒸餾：廣泛應用于實驗室規模的分離和小批量工業生產。在實驗室中，用于對少量珍貴樣品進行高純度分離，如生物活性物質、藥物中間體等的提純。在小批量工業生產中，適用于對產品純度要求極-高的場合，如高-端化妝品原料、高純度香料等的生產。例如，在研發新型藥物時，短程蒸餾器可用于分離和提純少量的藥物活性成分，為藥物的研發提供高純度的樣品。