1. 進料階段

  - 原料準備：首先要對原料進行預處理。這包括對原料進行過濾，去除其中的固體雜質，如在從植物提取物中分離有效成分時，要過濾掉植物殘渣；對原料進行預熱處理，使其接近或達到合適的進料溫度，這樣可以提高進料的流動性，確保原料能夠順利進入分子蒸餾裝置。

  - 進料方式：原料通過進料泵輸送到分子蒸餾裝置的蒸發器中。進料泵可以精確控制進料的速度和流量。在進料管道上通常會配備流量控制器和壓力傳感器，以保證進料的穩定性。例如，根據分子蒸餾裝置的大小和處理能力，以及原料的性質，進料速度可以控制在幾毫升/分鐘到幾十升/分鐘不等。

2. 蒸發階段

  - 薄膜形成：原料進入蒸發器后，通過特定的方式在蒸發器壁上形成薄膜。如果是刮膜式分子蒸餾裝置，內部的刮板會將原料均勻地刮在加熱壁上，形成薄而均勻的液膜；若是降膜式裝置，則是依靠重力和液體自身的流動性，使原料在蒸發器壁上形成液膜。液膜的厚度一般在0.05 - 1mm之間，薄液膜有利于分子的快速蒸發。

  - 加熱蒸發：蒸發器通過加熱系統（如夾套加熱、內置盤管加熱等）對液膜進行加熱。加熱介質可以是導熱油、蒸汽等。在高真空環境下（壓力通常為0.1 - 100Pa），液體分子獲得足夠的能量，從液膜表面逸出。此時，輕分子和重分子都開始蒸發，但由于輕分子的自由程較長，它們更容易從液膜表面逸出并向冷凝器方向運動。

3. 分離階段

  - 分子運動與分離：在高真空環境中，蒸發出來的分子根據其自由程的差異進行分離。輕分子能夠在幾乎不受到重分子干擾的情況下，向冷凝器運動。而重分子由于自由程較短，大部分會落回蒸發器中的液膜表面。例如，在分離魚油中的多不飽和脂肪酸（輕分子）和甘油三酯（重分子）時，多不飽和脂肪酸分子的自由程較長，能夠順利地向冷凝器運動，而甘油三酯分子則大多返回液膜。

4. 冷凝階段

  - 蒸汽冷凝：分子蒸餾裝置的冷凝器位于蒸發器附近，其溫度遠低于蒸發器溫度。從蒸發器逸出的輕分子蒸汽在向冷凝器運動的過程中，遇到低溫的冷凝器表面，失去能量而被冷凝成液體。冷凝器通常采用冷卻水或其他低溫介質進行冷卻，其內部有冷卻管道或冷卻夾套，以保證有足夠低的溫度使蒸汽冷凝。

  - 餾分收集：冷凝后的輕分子液體通過管道收集到輕餾分收集器中。而留在蒸發器中的重分子物質，可以在適當的時候通過重餾分出口收集到重餾分收集器中，或者留在蒸發器中進行進一步的處理。

5. 真空系統運行階段

  - 真空維持：在整個分子蒸餾過程中，真空系統一直處于工作狀態。真空泵（如擴散泵、分子泵等）不斷地抽出裝置內的氣體，維持高真空環境。真空管道要保證良好的密封性，防止空氣泄漏。同時，真空系統中還會配備真空閥門，用于控制真空度和氣體的進出，例如在設備啟動和停止過程中，通過閥門來調節真空系統的操作。

6. 清洗和維護階段

  - 定期清洗：在完成一定批次的蒸餾操作后，需要對分子蒸餾裝置進行清洗。清洗的主要目的是去除蒸發器、冷凝器和管道內殘留的物料，防止物料積累、結焦或變質，影響下一次的蒸餾效果。清洗過程通常包括用適當的溶劑沖洗裝置，然后用清水沖洗，最后進行干燥。

  - 部件檢查和維護：定期檢查裝置的各個部件，如蒸發器的加熱系統是否正常、刮板（如果是刮膜式裝置）是否磨損、真空系統的密封性是否良好等。對發現的問題及時進行維修或更換部件，以確保分子蒸餾裝置的正常運行。