全自動生物發酵罐可用于發酵多種物質，常見的如下：

1. 抗生素：如青霉素、紅霉素等。

2. 氨基酸：例如谷氨酸等。

3. 酶制劑：包括糖化酶等。

4. 維生素。

5. 有機酸：像檸檬酸、黃原膠等。

6. 酒類：啤酒、葡萄酒、醋等的發酵。

7. 疫苗：部分疫苗的生產過程需要使用發酵罐。

8. 雙歧桿菌：可有效增加腸道內有益菌群。

9. 有機廢棄物：可用于處理有機廢棄物，將其轉化為可再生能源等。

10. 基因工程和生物技術研究：在一些基因工程和生物技術研究中，會利用發酵罐產生重要的生物化學產物。

此外，在污水處理中，也可利用全自動生物發酵罐處理污水中的有機物質。具體能夠發酵的物質還取決于發酵罐的設計、控制系統以及所需的發酵條件等因素。在使用時，需根據特定的微生物和發酵工藝要求，設置合適的參數，以確保發酵過程的順利進行和產物的質量。同時，不同的發酵物質可能需要對罐體進行特殊的處理或采用特定的配件，以滿足其生產需求。不同類型的全自動生物發酵罐在適用范圍和功能上可能會有所差異。